L’INSPQ et le Centre de génomique de McGill : partenaires pour le séquençage génétique du SARS-CoV-2 au Québec

Une des technologies choisies pour effectuer le séquençage des coronavirus.

L’Institut national de santé publique du Québec se joint au Centre de génomique de l’Université McGill afin de séquencer les différentes souches virales des patients québécois atteints par la COVID-19.

Ces travaux permettront de soutenir les enquêtes épidémiologiques de santé publique en identifiant l’origine du virus et son évolution au sein de la population. Ce partenariat coïncide avec l’annonce du gouvernement fédéral qui octroie 40 millions de dollars pour la recherche en génomique sur la COVID-19.

Sandrine Moreira, responsable de la coordination de la génomique et de la bio-informatique, Hugues Charest, responsable des virus respiratoires et Dr Michel Roger, directeur scientifique du Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) coordonneront le projet au Québec, en partenariat avec les professeurs Ioannis Ragoussis, Guillaume Bourque et Jesse Shapiro du Centre de génomique de l’Université McGill.

« Lorsque le virus se multiplie et se transmet d’une personne à l’autre, il fait des erreurs en recopiant sa séquence génétique, explique Sandrine Moreira. En déterminant la séquence génétique du virus détecté chez les patients, il est ainsi possible de reconstituer le chemin de la transmission du virus, puisque des virus très ressemblants ou identiques se sont probablement transmis directement ou avec peu d’intermédiaires. »

Une biobanque d’échantillons positifs

Quelque 20 millions de dollars seront ainsi partagés entre les provinces pour le séquençage du génome des virus des patients atteints de la COViD-19. Pour le Québec, le projet a été nommé CoVSeQ. Le LSPQ constituera une biobanque, la CoVBanQ, avec tous les échantillons positifs du Québec. Il réalisera le séquençage, l’analyse des séquences génétiques et la modélisation de la chaine de transmission en collaboration avec le Centre de génomique de McGill. « Ces informations permettront de guider les enquêteurs de santé publique et de valider des liens de transmission identifiés lors des investigations qui ont cours sur le terrain », poursuit Sandrine Moreira.

À la fine pointe

Ce projet réunit les technologies de pointe les plus avancées en matière de séquençage génomique et d’analyse bio-informatique. Il met aussi à contribution un groupe d’experts en clinique, virologie, génomique, phylogénétique et épidémiologie. « Les séquences génétiques produites seront rapidement partagées avec les hôpitaux et les chercheurs afin de soutenir les recherches sur les vaccins, la virulence des coronavirus et les antiviraux par exemple », de conclure Sandrine Moreira.

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