Les variants du SRAS-CoV-2

La surveillance des mutations qui s’accumulent naturellement dans le génome du SRAS-CoV-2 est une priorité de santé publique. Elle vise à informer la prise de décision dans la lutte contre la COVID-19.

L’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) mène des activités de surveillance génomique et des études épidémiologiques sur les variants du SRAS-CoV-2, afin d’évaluer leurs impacts sur le dépistage, la transmission et la gravité de la COVID-19.


L’émergence de variants n’est pas nouvelle

Le SRAS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) qui contient un génome d’environ 30 000 nucléotides et 29 protéines virales connues à ce jour. Lorsque le virus se réplique dans les cellules de l’hôte infecté, il recopie son matériel génétique en introduisant parfois des mutations, on parle alors de variants du virus. Ces changements sont normaux et actuellement, des milliers de variants de la souche initiale circulent dans le monde.

La plupart de ces mutations ne semblent pas avoir eu aucun impact significatif sur les caractéristiques du virus. Mais au fil du temps, elles s’additionnent et certaines sont sélectionnées car elles apporteraient un avantage évolutif pour le virus. Depuis décembre 2020, quatre nouveaux variants du virus, B.1.1.7 (émergence au Royaume-Uni), B.1.351 (émergence d’Afrique du Sud), P1 (émergence au Brésil) et B.1.525 (émergence au Nigéria) font l’objet d’une surveillance mondiale rehaussée, parce qu’ils seraient plus contagieux et possiblement plus virulents que les autres variants en circulation dans le monde.


Qu’est-ce qu’un variant?

Un variant est un sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence. Au sens strict du terme, un variant a subi plusieurs mutations importantes susceptibles de modifier ses caractéristiques, par exemple une plus grande facilité à se transmettre par rapport aux autres versions du virus.

Au Québec, dans le cadre de la surveillance génomique du SRAS-CoV-2, les variants sont classés en deux catégories : « variant préoccupant » ou « variant d’intérêt », selon le niveau de preuve scientifique d’un impact épidémiologique ou clinique chez l’humain (voir Définitions ci-dessous).

À ce jour, les manifestations cliniques de la COVID-19 causée par les variants préoccupants semblent similaires de celles de la souche initiale. Lorsqu’une personne reçoit un diagnostic de dépistage positif pour la COVID-19, des tests supplémentaires (criblage et séquençage du génome entier) sont ensuite réalisés par les laboratoires participants du réseau pour déterminer s’il s’agit d’un variant sous surveillance rehaussée.


La surveillance des variants du SRAS-CoV-2 au Québec

L’INSPQ et son Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) pilotent le Programme de surveillance des variants de la COVID-19 au Québec. Ce programme annoncé en janvier 2021 vise à séquencer au moins 65 000 échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 d’ici la fin de l’année 2021. L’objectif est de séquencer, de façon hebdomadaire, au moins 10 % de tous les échantillons positifs afin de dresser le portrait des variants en circulation et de détecter ceux nécessitant une intervention de santé publique.

1re étape : le criblage

Actuellement, tous les échantillons cliniques positifs pour la COVID-19 font l’objet d’analyses complémentaires afin de détecter la présence de variants sous surveillance rehaussée. Le LSPQ et le réseau de laboratoires hospitaliers à travers le Québec effectuent depuis le 15 février 2021 des tests de criblage par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN). Il s’agit d’une méthode rapide pour détecter les mutations dites « signatures » des variants sous surveillance (ex. la mutation N501Y). Les résultats sont disponibles dans un délai de 24 heures. Les cas présomptifs de variants sous surveillance sont ensuite acheminés au LSPQ pour séquençage du génome entier.

Intervenir rapidement

Dès qu’un cas présomptif de variant sous surveillance rehaussée est identifié au criblage, un représentant de la Santé publique contacte la personne infectée ainsi que les personnes avec qui elle a été en contact rapproché, afin de les informer des mesures renforcées d’isolement et de prévention applicables en contexte de variant (voir Mesures pour la gestion des cas et des contacts dans la communauté). Ces mesures préventives visent à limiter la propagation de variants plus transmissibles au Québec.

2e étape : le séquençage

Les résultats positifs au criblage sont considérés comme des cas présomptifs de variants sous surveillance rehaussée. Ils doivent être confirmés par séquençage du génome entier du virus. Le séquençage est une opération coûteuse, longue et complexe qui permet de décoder le génome du virus et d’identifier le variant. Les résultats sont disponibles dans un délai de 7 à 14 jours.

Le séquençage des échantillons positifs pour la COVID-19 est une activité essentielle pour dresser le portrait des variants circulant au Québec. Elle permet aussi de détecter les nouvelles mutations pouvant altérer les propriétés biologiques et la détection du virus.

La recherche sur les variants

Les experts de l’INSPQ et les partenaires académiques mènent trois types d’études.

  • Des études phylogénétiques pour dresser le portrait des variants circulant au Québec et les événements d’introduction.
  • Des études épidémiologiques pour identifier les variants susceptibles d’augmenter la transmission ou la sévérité de la maladie, affecter l’efficacité des vaccins et des traitements ou encore de favoriser des réinfections.
  • Des études fonctionnelles (en laboratoire) pour mieux comprendre en quoi les changements du virus affectent sa réplication, son affinité pour le récepteur cellulaire ACE2, sa transmission, sa pathogénèse, sa réponse aux vaccins et la performance des tests diagnostiques.

Données sur les variants de SRAS-CoV-2

L'INSPQ publie quotidiennement une mise à jour des données sur les cas de COVID-19 causés par des variants sous surveillance rehaussée, qu’ils soient confirmés par séquençage génomique ou détectés par test d’amplification des acides nucléiques (TAAN ou PCR en anglais) de criblage.


Variants sous surveillance rehaussée

À ce jour, quatre variants du SRAS-CoV-2 (lignées B.1.1.7, B.1.351, P.1 et B.1.525) font l’objet d’une surveillance rehaussée en raison des conséquences importantes qu’ils pourraient avoir sur l’évolution de la pandémie de COVID-19. Selon les études, ces variants seraient plus transmissibles et plus virulents que les autres variants en circulation.

Variant B.1.1.7

Émergence : Royaume-Uni, septembre 2020
Présence au Québec depuis décembre 2020

Ce variant porteur d’un grand nombre de mutations est responsable de la plupart des nouvelles infections au Royaume-Uni. Il gagne du terrain partout dans le monde, y compris au Québec et dans le reste du Canada. Selon les estimations, il serait de 40 à 80 % plus transmissible et de 10 à 70 % plus virulent – en termes de risque d’hospitalisation ou de décès – comparativement au variants communs. Par contre, les vaccins et les traitements par anticorps seraient tout aussi efficaces contre ce variant que contre la souche initiale.

Variant B.1.351

Émergence : Afrique du Sud, octobre 2020
Présence au Québec depuis février 2021

Ce variant serait 50 % plus transmissible que les variants communs et aurait causé une augmentation des décès en Afrique du Sud. À ce jour, les études sur la transmission et les impacts de ce variant sont toutefois limitées. Les vaccins et traitements par anticorps seraient moins efficaces contre ce variant, notamment le vaccin d’Oxford-AstraZeneca. Selon les études de laboratoire, il serait moins sensible aux anticorps neutralisants du plasma de convalescence pour la COVID-19, ce qui pourrait signifier un risque accru de réinfection et une possible résistance à la vaccination. Dans ce contexte, les entreprises Pfizer-BioNTech et Moderna ont annoncé respectivement des essais cliniques pour tester l’efficacité d’une troisième dose et le développement d'un vaccin spécifique contre ce variant.

Variant P.1

Émergence : Brésil, janvier 2021
Présence au Québec depuis mars 2021

Ce variant a été identifié pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil qui ont été testés lors d'un dépistage de routine dans un aéroport au Japon, au début janvier 2021. Au Brésil (ville de Manaus), le variant P.1 serait de 80 à 150 % plus transmissible et de 10 à 80 % plus virulent (risque de décès) que les variants communs. Il serait associé à des infections avec une plus haute charge virale comparativement à celles causées par les variants communs. Un faible risque de réinfection a été estimé avec ce variant (6,4 %) pour les personnes qui ont déjà été infectées par le virus durant la première vague. Les études sur la transmission et les impacts de ce variant sont limitées au contexte de la ville de Manaus. En raison de mutations partagées avec le variant B.1.351, une diminution de l’efficacité des vaccins et traitements par anticorps est attendue pour le variant P.1.

Variant B.1.525

Émergence : Nigéria et Royaume-Uni, décembre 2020
Présence au Québec depuis mars 2021

Le variant B.1.525, détecté pour la première fois au Nigéria et au Royaume-Uni en décembre 2020, se retrouve dans au moins 28 pays, dont le Canada et le Québec. Il est surveillé en raison des conséquences fonctionnelles connues de deux mutations dans la protéine de spicule qui sont également retrouvées dans les variants B.1.1.7 et B.1.351. Ce variant a été ajouté récemment à la liste des variants sous surveillance rehaussée.

D’autre variants sont également sous surveillance au Québec, mais pour l’instant, rien n’indique qu’ils sont plus préoccupants pour la santé humaine.

La situation des variants est sous surveillance étroite, car elle peut changer le cours de la pandémie. Il est donc important de cribler rapidement tous les cas positifs de COVID-19, de retracer les contacts, de les isoler et de respecter les consignes sanitaires de façon à freiner la propagation des variants plus transmissible ou virulent.

Toute personne qui présente des symptômes qui s’apparentent à la COVID-19 ou qui a été en contact étroit avec une personne atteinte devrait aller se faire tester rapidement.


Pour en savoir plus

Publications scientifiques

Données

Nouvelles

Définitions

Génome : L'ensemble de l’information génétique d'un organisme

Lignée : Un ensemble de virus descendants d’une même souche virale ancestrale.

Mutation : Tout changement dans la séquence génétique du virus qui se produit lors de sa multiplication dans une cellule hôte.

Phylogénie : Étude des liens génétiques existant entre espèces apparentées.

Variant : Sous-type de virus dont le génome diffère par une ou plusieurs mutations de celui de référence.

Variant préoccupant : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique démontré sur la gravité de la maladie, la transmissibilité du virus ou l’efficacité vaccinale.

Variant d’intérêt : Variant ayant un impact épidémiologique ou clinique suspecté sur la gravité de la maladie, la transmissibilité ou l’efficacité vaccinale (par exemple, en raison de la présence de mutations communes aux variants préoccupants).

Variant sous surveillance : Variant faisant l’objet d’une surveillance simple, sans intervention prioritaire.

Variant sous surveillance rehaussée : Variant sous surveillance faisant l’objet d’une intervention prioritaire envers les cas et leurs contacts et d’une surveillance génomique.

Séquençage : Le séquençage permet de déterminer le génome entier du virus pour identifier les mutations qui définissent les variants.

Dernière mise à jour : 

24 mars 2021